중소기업 세액공제·감면, 세금 신고 전에 이것부터 확인하세요
이런 분께 · 법인세·종합소득세 신고를 앞둔 중소기업 대표 · 갱신 2026.10.21
중소기업이 세금을 줄일 수 있는 제도는 대부분 조세특례제한법에 있습니다. 법인은 법인세에서, 개인사업자는 종합소득세(사업소득분)에서 공제·감면받습니다.
크게 '감면'(세액의 일정 비율을 깎아 줌)과 '공제'(고용·투자·연구개발 같은 행동에 따라 금액을 빼 줌)로 나뉩니다. 같은 해에 함께 적용할 수 없는 조합이 있고, 최저한세 때문에 공제가 제한될 수 있어 신고 전 세무대리인과 조합을 검토하는 것이 중요합니다.
이미 신고한 연도에 놓친 공제가 있다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다.
업종·업력에 따라 받는 감면
회사 규모·업종·지역 또는 창업 시기에 따라 세액을 일정 비율 깎아 주는 제도입니다.
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부(세법 소관)
중소기업에 대한 특별세액감면
감면 업종을 하는 중소기업이 사업장에서 번 소득에 대한 세금(법인은 법인세, 개인사업자는 종합소득세) 일부를 매년 깎아 주는 제도입니다. 회사 규모(소기업/중기업), 업종, 수도권 여부에 따라 감면율이 다릅니다.
- 지원 내용
- 법인세·종합소득세(사업소득분) 감면(세액감면): 소기업 도매·소매업·의료업 10%, 소기업 수도권 그 밖의 감면업종 20%, 소기업 수도권 밖 30%, 중기업 수도권 밖 도매업등 5%, 중기업 수도권 일반 서적 출판업 10%, 중기업 수도권 밖 그 밖의 감면업종 15% / 감면한도 1억원(상시근로자 감소 시 1명당 5백만원씩 차감)
- 대상
- 조세특례제한법상 중소기업 중 감면 업종(제조·건설·도소매·정보서비스·연구개발·전문디자인 등 법 제7조 제1항 제1호 열거 업종)을 경영하는 기업
- 신청 시기
- 매년 법인세 신고 때, 개인사업자는 종합소득세 신고 때(2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지)
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
창업중소기업 등에 대한 세액감면
정해진 업종으로 새로 창업한 중소기업(청년 창업, 창업 후 3년 안에 벤처확인을 받은 기업 포함)의 법인세(개인사업자는 종합소득세)를 최초 소득 발생 연도부터 5년간 깎아 주는 제도입니다. 창업 지역과 대표 나이에 따라 감면율이 다릅니다.
- 지원 내용
- 법인세·종합소득세 감면(5년간). 2026.1.1 이후 창업: 청년창업 수도권 밖·수도권 인구감소지역 100%, 수도권(과밀억제권역·인구감소지역 제외) 청년 75%, 과밀억제권역 청년 및 수도권 밖 일반 창업 50%, 수도권(과밀억제권역·인구감소지역 제외) 일반 창업 25% / 창업벤처중소기업 50% / 연 감면세액 합계 5억원 초과분은 감면 안 함
- 대상
- 2027.12.31 이전에 광업·제조·건설·통신판매·물류·음식점·정보통신·전문과학기술서비스(일부 제외)·사업지원서비스 등 법정 업종으로 창업한 중소기업
- 신청 시기
- 창업 후 최초 소득 발생 과세연도(소득이 없으면 5년째 과세연도)부터 매년 법인세 신고 때, 개인사업자는 종합소득세 신고 때
직원 관련 공제
직원 수가 늘거나, 임금을 올리거나, 육아휴직 복귀·성과급을 지급했을 때 받는 공제입니다.
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
통합고용세액공제(기본공제)
상시근로자 수가 늘어난 기업의 법인세(개인사업자는 종합소득세)를 늘어난 인원 1명당 정해진 금액만큼 깎아 줍니다. 2026년 과세연도부터 개편되어, 늘어난 고용을 2~3년 유지하면 2·3년차 공제액이 더 커집니다.
- 지원 내용
- 법인세·종합소득세 세액공제(중소기업, 1인당): 청년등(청년 정규직·장애인·60세 이상·경력단절·북한이탈주민) 직전연도 대비 증가 700만원(수도권 밖 1,000만원), 전전연도 대비 1,600만원(1,900만원), 전전전연도 대비 1,700만원(2,000만원) / 그 외 근로자 400만원(700만원), 900만원(1,200만원), 1,000만원(1,300만원)
- 대상
- 소비성서비스업(호텔·여관업, 유흥주점 등)을 제외한 기업으로 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 1개 이상보다 증가한 기업(중소기업은 최소 증가인원 기준 없음)
- 신청 시기
- 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지, 매년 법인세 신고 때(개인사업자는 종합소득세 신고 때)
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
통합고용세액공제(육아휴직 복귀자 공제)
6개월 이상 육아휴직을 쓴 직원을 복직시키면 1명당 정해진 금액을 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다.
- 지원 내용
- 육아휴직 복귀자 1인당 1,300만원(중견기업 900만원) 법인세·종합소득세 세액공제
- 대상
- 육아휴직 복귀자를 2026년 12월 31일까지 복직시키는 중소·중견기업
- 신청 시기
- 복직한 날이 속하는 과세연도의 법인세·종합소득세 신고 때(2026.12.31까지 복직분)
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제
직원 평균임금을 예년보다 많이 올리거나 비정규직을 정규직으로 전환해 임금을 올린 중소기업에 인상분의 일부를 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다.
- 지원 내용
- 중소기업: 직전 3년 평균 초과 임금증가분의 20%(또는 전체 중소기업 평균임금증가분 초과분의 20% 선택) / 정규직 전환 근로자 임금증가분 합계의 20%
- 대상
- 평균임금 증가율 요건을 충족하고 상시근로자 수가 직전 과세연도 이상인 중소·중견기업
- 신청 시기
- 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지, 매년 법인세·종합소득세 신고 때
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부 / 중소벤처기업부(성과공유 중소기업 제도)
성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등
성과공유 중소기업이 직원에게 경영성과급을 주면 회사는 성과급의 10%를 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제받고, 직원은 성과급에 대한 소득세 50%를 감면받습니다.
- 지원 내용
- 회사: 경영성과급의 10% 법인세·종합소득세 세액공제 / 직원: 경영성과급 소득세 50% 감면(총급여 7천만원 초과자·최대주주 등 제외)
- 대상
- 「중소기업 인력지원 특별법」 제27조의2에 따른 성과공유 중소기업
- 신청 시기
- 2027년 12월 31일까지 지급하는 경영성과급, 법인세·종합소득세 신고 때
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
고용유지중소기업 등에 대한 과세특례
경영이 어려워 인원을 줄이지 않고 임금을 나눠 줄인(일자리 나누기) 중소기업에 세액공제를, 그 회사 직원에게 임금 감소분 일부 소득공제를 해 줍니다.
- 지원 내용
- 회사: (1인당 연간 임금총액 감소분 × 상시근로자 수 × 10%) + (시간당 임금 상승분 계산액 × 15%) 법인세·종합소득세 공제 / 직원: 임금 감소분 일부 근로소득 공제(1천만원 한도)
- 대상
- 상시근로자 수를 줄이지 않으면서 1인당 시간당 임금은 유지하고 1인당 연간 임금총액은 감소한 중소기업
- 신청 시기
- 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도까지, 법인세·종합소득세 신고 때
투자·연구개발 공제
설비 투자와 연구·인력개발에 쓴 비용에 대한 공제입니다.
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
통합투자세액공제
기계장치 등 사업용 자산에 투자한 금액의 일정 비율을 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다. 중소기업은 일반 투자 10%, 투자가 직전 3년 평균보다 늘면 추가 공제가 있습니다.
- 지원 내용
- 기본공제(중소기업): 일반 자산 10%, 신성장사업화시설 등 12%, 국가전략기술사업화시설 등 25%(반도체 30%) + 추가공제: 직전 3년 연평균 투자액 초과분의 10%(기본공제의 2배 한도)
- 대상
- 기계장치 등 사업용 유형자산(중고품·일부 임대용 자산·리스 제외) 또는 시행령이 정한 무형자산에 투자하는 기업
- 신청 시기
- 투자가 이루어진 과세연도의 법인세·종합소득세 신고 때
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
연구·인력개발비 세액공제
연구개발이나 직원 인력개발에 쓴 비용의 일정 비율을 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다. 중소기업은 일반 연구·인력개발비 25% 공제(또는 증가분 50% 중 선택)가 가능합니다.
- 지원 내용
- 일반 연구·인력개발비: 중소기업 당기 발생액의 25% 또는 직전연도 초과분의 50% 중 선택 / 신성장·원천기술 연구개발비: 중소기업 30%+가산 / 국가전략기술 연구개발비: 중소기업 40%+가산(가산율은 수입금액 대비 비중에 따라 최대 10%p)
- 대상
- 연구·인력개발비가 발생한 내국인(법인·개인사업자, 기업부설연구소·연구개발전담부서 인정 등 시행령 요건 충족 필요)
- 신청 시기
- 매년 법인세·종합소득세 신고 때(신성장·국가전략기술 공제는 2029.12.31까지 발생분)
- 교육·인증·바우처국세청(중소기업은 지방국세청 법인세과)
연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도
R&D 세액공제를 신청하기 전에, 쓴 비용이 연구·인력개발비로 인정되는지 국세청이 미리 심사해 주는 무료 제도입니다. 결과대로 신고하면 과소신고가산세가 면제됩니다.
- 지원 내용
- 무료 사전심사(기술·비용 검토), 심사결과대로 신고 시 과소신고가산세 면제 및 신고내용확인·감면사후관리 선정 제외, 1회 재심사 가능
- 대상
- 연구·인력개발비 세액공제를 받으려는 내국법인과 거주자(개인사업자 포함, 외국법인·비거주자 제외)
- 신청 시기
- 법인세·종합소득세 신고 전 / 누락분은 경정청구·기한후 신고 전
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
기술이전·대여 소득에 대한 세액감면
중소기업이 직접 연구개발한 특허·실용신안·기술을 다른 회사에 팔거나 빌려줘서 얻은 소득에 대한 법인세(개인사업자는 종합소득세)를 깎아 줍니다.
- 지원 내용
- 자체 개발 특허권등 이전 소득은 법인세·종합소득세 50% 감면, 대여 소득은 25% 감면
- 대상
- 자체 연구·개발한 특허권·실용신안권·기술비법·기술을 2026.12.31까지 내국인에게 이전·대여하는 중소·중견기업
- 신청 시기
- 2026년 12월 31일까지 이전·대여한 소득, 법인세·종합소득세 신고 때
부동산 취득 때 지방세 감면
창업 기업, 기업부설연구소, 지식산업센터 입주 기업의 취득세·재산세 감면입니다.
- 세액공제·감면행정안전부(지방세 소관) / 관할 시·군·구
창업중소기업 등에 대한 취득세·재산세 감면(지방세)
수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 중소기업(또는 창업벤처중소기업)이 창업 초기에 사업용 부동산을 사면 취득세를 75% 깎아 주고, 재산세는 3년 면제 후 2년 50% 깎아 줍니다.
- 지원 내용
- 사업용 부동산 취득세 75% 경감 / 재산세 창업일(벤처는 확인일)부터 3년간 면제, 그다음 2년간 50% 경감
- 대상
- 2026.12.31까지 과밀억제권역 외 지역에서 법정 업종으로 창업한 중소기업(창업일부터 4년, 청년창업기업 5년 이내 취득분) 또는 창업 후 3년 이내 벤처확인을 받은 창업벤처중소기업
- 신청 시기
- 부동산 취득 시(취득세 신고 시) 감면신청 — 2026년 12월 31일까지 창업분
- 세액공제·감면행정안전부 / 관할 시·군·구
기업부설연구소 부동산 취득세·재산세 감면(지방세)
중소기업이 기업부설연구소로 직접 쓰는 부동산을 사면 취득세와 재산세를 깎아 줍니다. 수도권은 감면율이 낮습니다.
- 지원 내용
- 중소기업: 취득세·재산세 각 60% 경감(수도권(인구감소지역 제외) 45%), 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 연구소는 15%p 추가 경감 / 2028.12.31까지
- 대상
- 기업부설연구소(시행령 요건)에 직접 사용하기 위해 부동산을 취득·사용하는 중소기업
- 신청 시기
- 부동산 취득 시 및 재산세 과세기준일(2028.12.31까지)
- 세액공제·감면행정안전부 / 관할 시·군·구
지식산업센터 최초 분양 입주자 취득세·재산세 감면(지방세)
중소기업이 지식산업센터를 최초로 분양받아 사업용으로 직접 쓰면 취득세 35%와 재산세(5년간) 35%를 깎아 줍니다.
- 지원 내용
- 사업시설용 취득세 35% 경감, 재산세 납세의무 최초 성립일부터 5년간 35% 경감(2028.12.31까지)
- 대상
- 지식산업센터를 신축·증축 설립자로부터 최초로 분양받은 중소기업 입주자
- 신청 시기
- 분양 부동산 취득 시(2028.12.31까지 취득분)
신청 전에 알아 둘 것
- 중소기업 특별세액감면과 창업중소기업 세액감면 등은 같은 해에 하나만 선택해야 하는 조합이 있습니다(조세특례제한법 제127조). 유리한 쪽은 세무대리인과 비교하세요.
- 고용 관련 공제는 이후 직원 수가 줄면 공제받은 세액을 다시 낼 수 있습니다. 공제 후 인원 변화를 기록해 두세요.
- 연구·인력개발비 공제는 국세청 사전심사 제도로 미리 확인받을 수 있습니다.
- 공제·감면 신청은 세금 신고 때 홈택스에서 함께 합니다. 놓친 연도는 5년 안에 경정청구할 수 있습니다.
자주 묻는 질문
- Q. 개인사업자도 중소기업 세액공제를 받을 수 있나요?
- 조세특례제한법의 공제·감면 대부분은 법인세와 함께 개인사업자의 종합소득세(사업소득분)에도 적용됩니다. 제도별 대상은 아래 각 제도 화면에서 확인하세요.
- Q. 세액공제를 못 받고 신고했는데 돌려받을 수 있나요?
- 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 하면 다시 계산해 환급받을 수 있습니다. 홈택스에서 직접 신청할 수 있고, 판단이 어려우면 세무대리인과 확인하세요.
- Q. 공제를 여러 개 받으면 모두 더해서 깎아 주나요?
- 제도마다 중복 적용 제한이 있고 최저한세 때문에 공제가 제한될 수 있어, 단순히 더해지지 않습니다. 실제 적용 조합은 세무대리인과 계산해 보세요.
우리 회사에 맞는 것만 골라 보세요
사업 형태·지역·업종·직원 수를 입력하면 이 글의 제도 중 신청을 검토해 볼 만한 것과 확인이 필요한 조건을 진단서로 정리해 드립니다. 회사명·연락처는 묻지 않습니다.
우리 회사 진단서 받기제도별 내용은 각 운영 기관·법령 원문을 요약한 것이며(전문가 검토 전), 대상 여부와 금액은 운영 기관이 정합니다. 신청 전 각 제도 화면의 공식 출처를 확인하세요. 깊은디딤은 정부·공공기관이 운영하는 서비스가 아닙니다.