지난 세금 신고에서 놓친 공제, 5년 안이면 돌려받을 수 있습니다
이런 분께 · 지난 몇 년간 직원을 늘렸거나 설비 투자를 한 기업 · 갱신 2026.10.21
세액공제는 신청해야 받는 제도라, 신고 때 빠뜨리면 자동으로 적용되지 않습니다. 특히 직원 수가 늘었던 해의 고용 세액공제, 설비를 산 해의 투자 세액공제를 놓친 경우가 많습니다.
이미 신고한 세금은 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 하면 다시 계산해 환급받을 수 있습니다(국세기본법 제45조의2). 홈택스에서 직접 신청할 수 있습니다.
직접 판단하기 어렵다면 국세청이 운영하는 무료 상담·사전심사 제도를 먼저 이용해 보세요.
자주 놓치는 공제
지난 5년 사이에 해당하는 일이 있었는지 확인해 보세요.
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
통합고용세액공제(기본공제)
상시근로자 수가 늘어난 기업의 법인세(개인사업자는 종합소득세)를 늘어난 인원 1명당 정해진 금액만큼 깎아 줍니다. 2026년 과세연도부터 개편되어, 늘어난 고용을 2~3년 유지하면 2·3년차 공제액이 더 커집니다.
- 지원 내용
- 법인세·종합소득세 세액공제(중소기업, 1인당): 청년등(청년 정규직·장애인·60세 이상·경력단절·북한이탈주민) 직전연도 대비 증가 700만원(수도권 밖 1,000만원), 전전연도 대비 1,600만원(1,900만원), 전전전연도 대비 1,700만원(2,000만원) / 그 외 근로자 400만원(700만원), 900만원(1,200만원), 1,000만원(1,300만원)
- 대상
- 소비성서비스업(호텔·여관업, 유흥주점 등)을 제외한 기업으로 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도 중 1개 이상보다 증가한 기업(중소기업은 최소 증가인원 기준 없음)
- 신청 시기
- 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지, 매년 법인세 신고 때(개인사업자는 종합소득세 신고 때)
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
통합투자세액공제
기계장치 등 사업용 자산에 투자한 금액의 일정 비율을 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다. 중소기업은 일반 투자 10%, 투자가 직전 3년 평균보다 늘면 추가 공제가 있습니다.
- 지원 내용
- 기본공제(중소기업): 일반 자산 10%, 신성장사업화시설 등 12%, 국가전략기술사업화시설 등 25%(반도체 30%) + 추가공제: 직전 3년 연평균 투자액 초과분의 10%(기본공제의 2배 한도)
- 대상
- 기계장치 등 사업용 유형자산(중고품·일부 임대용 자산·리스 제외) 또는 시행령이 정한 무형자산에 투자하는 기업
- 신청 시기
- 투자가 이루어진 과세연도의 법인세·종합소득세 신고 때
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부
연구·인력개발비 세액공제
연구개발이나 직원 인력개발에 쓴 비용의 일정 비율을 법인세(개인사업자는 종합소득세)에서 공제해 줍니다. 중소기업은 일반 연구·인력개발비 25% 공제(또는 증가분 50% 중 선택)가 가능합니다.
- 지원 내용
- 일반 연구·인력개발비: 중소기업 당기 발생액의 25% 또는 직전연도 초과분의 50% 중 선택 / 신성장·원천기술 연구개발비: 중소기업 30%+가산 / 국가전략기술 연구개발비: 중소기업 40%+가산(가산율은 수입금액 대비 비중에 따라 최대 10%p)
- 대상
- 연구·인력개발비가 발생한 내국인(법인·개인사업자, 기업부설연구소·연구개발전담부서 인정 등 시행령 요건 충족 필요)
- 신청 시기
- 매년 법인세·종합소득세 신고 때(신성장·국가전략기술 공제는 2029.12.31까지 발생분)
- 세액공제·감면국세청(관할 세무서) / 재정경제부(세법 소관)
중소기업에 대한 특별세액감면
감면 업종을 하는 중소기업이 사업장에서 번 소득에 대한 세금(법인은 법인세, 개인사업자는 종합소득세) 일부를 매년 깎아 주는 제도입니다. 회사 규모(소기업/중기업), 업종, 수도권 여부에 따라 감면율이 다릅니다.
- 지원 내용
- 법인세·종합소득세(사업소득분) 감면(세액감면): 소기업 도매·소매업·의료업 10%, 소기업 수도권 그 밖의 감면업종 20%, 소기업 수도권 밖 30%, 중기업 수도권 밖 도매업등 5%, 중기업 수도권 일반 서적 출판업 10%, 중기업 수도권 밖 그 밖의 감면업종 15% / 감면한도 1억원(상시근로자 감소 시 1명당 5백만원씩 차감)
- 대상
- 조세특례제한법상 중소기업 중 감면 업종(제조·건설·도소매·정보서비스·연구개발·전문디자인 등 법 제7조 제1항 제1호 열거 업종)을 경영하는 기업
- 신청 시기
- 매년 법인세 신고 때, 개인사업자는 종합소득세 신고 때(2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지)
국세청이 도와주는 제도
무료 상담과 사전 확인을 받을 수 있는 제도입니다.
- 교육·인증·바우처국세청(지방국세청 법인세과)
법인세 공제·감면 컨설팅 제도
중소기업 법인이 고용·투자·특별감면·창업감면 등을 제대로 받을 수 있는지 신고 전에 국세청(지방청 전담부서)이 미리 검토해 주는 무료 제도입니다. 결과대로 신고하면 사후 검증 대상에서 빠지고 과소신고가산세가 면제됩니다.
- 지원 내용
- 무료 사전 검토(신청일부터 2개월 이내 서면 통지), 컨설팅대로 신고 시 신고내용 확인·감면법인 사후관리 제외 및 과소신고가산세 면제
- 대상
- 조세특례제한법상 중소기업인 법인사업자(업종별 매출액 규모기준 이내)
- 신청 시기
- 공제·감면 관련 거래(창업·고용증대·설비투자 등)를 시작하거나 의사결정한 날 이후 언제든지 / 과거분은 경정청구 전까지
- 교육·인증·바우처국세청(중소기업은 지방국세청 법인세과)
연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도
R&D 세액공제를 신청하기 전에, 쓴 비용이 연구·인력개발비로 인정되는지 국세청이 미리 심사해 주는 무료 제도입니다. 결과대로 신고하면 과소신고가산세가 면제됩니다.
- 지원 내용
- 무료 사전심사(기술·비용 검토), 심사결과대로 신고 시 과소신고가산세 면제 및 신고내용확인·감면사후관리 선정 제외, 1회 재심사 가능
- 대상
- 연구·인력개발비 세액공제를 받으려는 내국법인과 거주자(개인사업자 포함, 외국법인·비거주자 제외)
- 신청 시기
- 법인세·종합소득세 신고 전 / 누락분은 경정청구·기한후 신고 전
- 교육·인증·바우처국세청(전국 세무서 납세자보호담당관실)
영세납세자지원단(나눔세무사·나눔회계사 무료 세무자문)
세무대리인이 없는 영세 개인사업자와 영세 중소법인이 종합소득세·법인세·부가가치세·원천세 등을 나눔세무사·회계사에게 무료로 상담받을 수 있습니다. 창업자 멘토링, 폐업자 멘토링도 있습니다.
- 지원 내용
- 무료 세무자문(신고대리는 하지 않음), 창업자·폐업자 멘토링, 찾아가는 현장상담
- 대상
- 세무대리인이 없는 영세 개인사업자, 영세중소법인(수입금액 3억원·자산총액 5억원·자본금 5천만원 이하 비상장·비계열 영리내국법인), 사회적 경제기업, 장애인 사업장
- 신청 시기
- 연중 상시
신청 전에 알아 둘 것
- 경정청구 기한은 법정신고기한(예: 12월 결산 법인은 3월 31일, 개인은 5월 31일)부터 5년입니다. 가장 오래된 연도부터 기한이 끝나니 먼저 확인하세요.
- 고용 세액공제를 경정청구하려면 연도별 상시근로자 수 계산이 필요합니다. 4대보험 가입 이력과 급여대장을 준비하세요.
- 환급을 이유로 높은 수수료를 요구하는 경우가 있으니, 홈택스 직접 신청과 국세청 무료 상담을 먼저 확인하세요.
자주 묻는 질문
- Q. 경정청구는 직접 할 수 있나요?
- 홈택스에서 직접 신청할 수 있습니다. 공제 금액 계산이 복잡하면 세무대리인이나 국세청 무료 상담을 이용하세요.
- Q. 5년이 지나면 받을 수 없나요?
- 경정청구 기한은 법정신고기한부터 5년이라, 이 기한이 지난 연도는 원칙적으로 청구할 수 없습니다.
우리 회사에 맞는 것만 골라 보세요
사업 형태·지역·업종·직원 수를 입력하면 이 글의 제도 중 신청을 검토해 볼 만한 것과 확인이 필요한 조건을 진단서로 정리해 드립니다. 회사명·연락처는 묻지 않습니다.
우리 회사 진단서 받기제도별 내용은 각 운영 기관·법령 원문을 요약한 것이며(전문가 검토 전), 대상 여부와 금액은 운영 기관이 정합니다. 신청 전 각 제도 화면의 공식 출처를 확인하세요. 깊은디딤은 정부·공공기관이 운영하는 서비스가 아닙니다.